Beaucoup d'entre eux feront souche. De nombreux vestiges de cette histoire subsistent à Sainte-Marie. Par exemple, dans la baie des Forbans gisent encore, à quelques mètres de fond, plusieurs dizaines d'authentiques vaisseaux pirates.
Sainte-Marie est située sur deux importantes routes commerciales du XVIIe siècle : celle de la mer Rouge et celle de l’océan Indien. À l’époque déjà, la population y était accueillante, la nourriture abondante et aucune puissance européenne ne tenait l’île. La proche région devint au cours du siècle particulièrement prisée des pirates alors que les caraïbes, jusqu'alors lieu de regroupement privilégié de la flibuste internationale, diminuait en popularité.
Les allées et venues des galions espagnols chargés de trésors se faisaient plus rares dans les Caraïbes. Sous le contrôle des Français, l’île de la Tortue devenait, peu à peu, un port tranquille et fréquentable. D’autre part, l’affluence des boucaniers à Port Royal, autrefois forte, ne se relevait pas du tremblement de terre Jamaïcain de 1692. Plus généralement, les nations européennes ne tolérant plus la piraterie, encourageaient la chasse aux pirates par leur patrouilles navales dans les eaux caribéennes. Cimetière de pirates.
Aux alentours de 1700, l’île Sainte-Marie devint ainsi le port d’attache d’une vingtaine de vaisseaux et le lieu d’habitation d’un millier de forbans.
La rumeur des fortunes faciles qui s’y firent envahit les mers. À l’image de la république démocratique de Libertalia, il semblait s’y concrétiser des idéaux d’égalité, de liberté et de fraternité. L’engouement pour ce havre était tel que les nations européennes commencèrent à se soucier de l’impact et du rôle commercial et géopolitique de cette zone qu’ils ne contrôlaient pas et offrirent l’amnistie aux pirates qui se repentiraient et retourneraient au pays. On trouve encore sur l'île de nombreux cimetières de forbans.
L'île, pacifiée par la Marine royale et déjà occupée par des ressortissants français dès 1750, est devenue une colonie française vers 1820-1822. L'exploitation du bois, la culture de la canne à sucre et du riz, l'élevage des bœufs à des fins d'exportation ont contribué à l'essor du petit chef-lieu, Port-Louis. À la fin des années 1860, l'île s'étend d'après un cadastre local sur 90 995 hectares et compte 5 900 habitants. Elle fait partie du Gouvernement de Mayotte et n'est rattachée à la grande île de Madagascar qu'à la fin du siècle.
